Ο ΚΟΑΓ διοικείται από εννεαμελές Διοικητικό Συμβούλιο το οποίο διορίζεται κάθε τριάντα μήνες από το Υπουργικό Συμβούλιο, κατόπιν σύστασης του Γνωμοδοτικού Συμβουλίου. Το σημερινό Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο άρχισε τη θητεία του τον Αύγουστο του 2026 απαρτίζεται από τους εξής:
O Γενικός Διευθυντής είναι ο πρώτος εκτελεστικός λειτουργός του ΚΟΑΓ και φέρει την ευθύνη της υλοποιήσεως της πολιτικής του Οργανισμού και της διεκπεραίωσης της καθημερινής εργασίας.
Από την 1 Ιουλίου 2021, Γενική Διευθύντρια του ΚΟΑΓ είναι η Ελένη Συμεωνίδου.
Το προσωπικό του ΚΟΑΓ απαριθμεί σήμερα 38 άτομα, τα οποία στελεχώνουν, ανάλογα με την κατάρτισή τους, την Τεχνική Υπηρεσία και τις Λογιστικές και Γραμματειακές Υπηρεσίες.
